Местом внедрения и размножения вируса гриппа в организме человека и восприимчивых животных является цилиндрический мерцательный эпителий дыхательных путей. Однако если в выделениях слизистой оболочки дыхательных путей (носоглотка и трахея) содержится достаточное количество антител, то заражение может не наступить. Антитела проникают в слизистую оболочку из крови. Таким образом, местный иммунитет поддерживается при гриппе в основном за счет нейрогуморальных факторов.
Введение культуры, содержащей вирусы, в кровь, внутримышечно, подкожно обычно не вызывает заболевания, так как вирус не находит необходимых условий существования, быстро инактивируется и выделяется с мочой. Наличие прямой связи между содержанием вируснейтрализирующих антител в крови и секрете дыхательных путей приводит к тому, что во время эпидемии гриппа заболевают прежде всего люди с низким титром антител в крови. Антитела образуются в ретикулоэндотелиальной системе, лейкоцитах и, возможно, в чувствительных к вирусу эпителиальных клетках. Несомненно, что при гриппе, как и при других инфекциях, существенная роль принадлежит факторам тканевого иммунитета, к которым следует отнести интерферон — активный защитный белок, образующийся в клетках под действием вирусов. По наблюдениям В. Соловьева, Т. Бектемирова и А. Гуменик (1967), сначала появляется тканевый фактор защиты — интерферон, а позже и антитела, которые как бы завершают цикл иммуногенеза.
В зараженных клетках мерцательного эпителия выявляются скопления вирусных тел. которые затем удаляются в просвет трахеи и бронхов. При этом многие эпителиальные клетки, освободившиеся от вируса, не погибают. Защитные процессы в клетках особенно выражены при легких формах гриппа. У людей, больных гриппом, в результате внедрения вируса часть эпителиальных клеток подвергается дегенеративным изменениям и отмирает, а вирусы нападают на новые клетки. При легких формах заболеваний в основном страдают верхние дыхательные пути, при тяжелых — в процесс вовлекаются трахея, бронхи и даже альвеолярный аппарат. Гибель эпителиальных клеток делает слизистую оболочку легко проницаемой для вирусов, которые проникают в кровь, а затем во внутренние органы, спинномозговую жидкость, оказывая токсикоинфекционное действие на нервную и сердечнососудистую системы и т. п.